1. La différence entre les chimpanzés et les humains due aux substitutions mono-nucléotidiques est en moyenne de 1,23%, dont 1,06% ou moins est due à une divergence fixée, le reste étant dû au polymorphisme au sein des populations de chimpanzés et des populations humaines.
Les événements d'insertion et de suppression (indel) expliquent une autre différence d'environ 3% entre les séquences de chimpanzé et d'humain, mais chaque indel implique généralement plusieurs nucléotides. Le nombre de modifications génétiques indéliennes correspond à une fraction du nombre de substitutions mononucléotidiques (environ 5 millions contre 35 millions environ). Il est donc tout à fait approprié de décrire les humains et les chimpanzés comme identiques à 98 à 99% 2).
2. La mesure de la différence dépend de ce que vous mesurez. Si vous mesurez le nombre de protéines pour lesquelles la protéine entière est identique chez les deux espèces, les humains et les chimpanzés sont identiques à 29% 3). Si vous mesurez les différences de paires de bases non synonymes dans les régions codantes, les humains et les chimpanzés sont identiques à 99,75% 4).
L'estimation initiale de 98,4% provenait d'expériences d'hybridation d'ADN, qui mesuraient (indirectement, via la température de fusion de l'ADN) des segments courts des génomes suffisamment similaires pour s'hybrider mais avec des éléments répétitifs retirés 5). Quelle que soit la mesure utilisée, toutefois, (et tant que la même mesure est utilisée de manière cohérente), elle montrera que les humains sont plus proches des chimpanzés (y compris le bonobo, espèce sœur du chimpanzé commun) que de toute autre espèce.
Notez également que l'évolution n'a pas été uniforme dans tous les génomes, de sorte que les estimations de la divergence entre l'homme et le chimpanzé qui ne prennent en compte qu'une partie du génome peuvent donner des résultats différents6) 7).
3. Il existe une abondance de preuves génétiques établissant le lien de parenté entre l'homme et les autres grands singes, bien plus irréfutable qu’un simple % de ressemblance :
Les preuves génétiques permettent d'ailleurs de retrouver la trace d'espèces antérieures non retrouvées par la paléontologie13).