Il existe de nombreux fossiles intermédiaires, mais on ne peut avoir la trace de tous les organismes nous ayant précédé sur terre. Les créationnistes exigent toujours un intermédiaire supplémentaire (appel à l’ignorance), jusqu’à en trouver un qui manque. Mais cela n’invalide pas l’évolution.
1) Il faut déjà préciser que, encore plus que l’ « espèce », ou le « vivant », un fossile intermédiaire est un concept difficilement définissable, voir parfois carrément subjectif. Certains caractères nous (humains) apparaissent comme plus importants que d’autres, en particulier les caractères morphologiques. Mais dans un monde où toutes les espèces sont apparentées et évoluent les unes des autres, chaque forme de vie est un intermédiaire entre ses descendants et ses ascendants. Homo sapiens est un intermédiaire entre l’espèce précédente et celle qui nous succédera.
On considère comme intermédiaire une espèce où apparaît un caractère (généralement morphologique) qui est transmis à l’ensemble d’un groupe de descendants (ex : les plumes pour les oiseaux). Mais dans la logique créationniste, si les espèces sont indépendantes, cela ne se base sur rien et aucun caractère n’est intermédiaire (ce qui ne les empêche pas d’utiliser l’argument, évidemment).
2) L'évolution biologique (et sa théorie) étant parfois mal comprise, le concept d'intermédiaire l'est tout autant. On a ainsi parfois des créationnistes qui réclament des formes qui n’ont jamais existé (et donc n’ont jamais été trouvé) : c’est l’argument du manque de fossile à demi-nageoire ou à demi-aile (dans le sens moignon). Or ces formes sont impossibles car elle représenteraient un handicap pour l’espèce, certainement mortelle. Dans la théorie de l’évolution, touts les intermédiaires sont forcements viables. Cet argument, utilisé dans cette version, dénote d’une très mauvaise compréhension de l’évolution, car si ces fossiles existaient, non seulement seraient en contradiction avec la théorie de l’évolution mais seraient plutôt une preuve pour le créationnisme (un organisme dont des caractères apparaissent pour un but futur).
3) Les fossiles de transition peuvent coexister avec des trous. Le processus de fossilisation est un processus rare, qui ne conserve généralement que les parties dures (squelettes, dents), les parties molles sont conservées de façon encore plus exceptionnelles. La paléontologie se rapproche d’un puzzle : chaque fossile est une nouvelle pièce. On a une idée du tableau général mais il manquera toujours des pièces. Contrairement aux assertions créationnistes, il est impossible de trouver des séquences de fossiles complètement détaillées, sans aucun manque, sur une durée de plusieurs millions d’années. Dans une stratégie de « fuite en avant », le créationniste va demander un intermédiaire, puis l’intermédiaire précédent, puis un autre, etc.. A un moment, il tombera forcément sur une forme inconnue. Il emploiera alors l’appel à l’ignorance pour dire que ce n’est pas prouvé. C’est le problème de la non opposabilité du créationnisme. Cependant, les lignées complètes ne sont pas nécessaires; et de toute façon, même s'ils étaient trouvés, sans l’ADN, on ne pourrait prouver que les fossiles seraient des ancêtres directs (c’est pourquoi les arbres phylogénétiques ne montrent pas des liens d’ascendance mais des liens de parenté). Ce que le registre fossile montre, c’est l’apparition et la transmission de caractères morphologiques, et pas l’apparition de caractères (même secondaire) de façon disparate entre les groupes. Par exemple les cranes des vertébrés.
4) Il existe de très nombreux formes intermédiaires dans le registre fossile (voir point suivant). La seule façon de le nier, mis à part ignorer complètement les fossiles découverts, est de redéfinir constamment leur définition de “transitoire” ou « intermédiaire » jusqu’à tomber sur un fossile manquant. Ainsi, archéoptéryx3), qui est objectivement un intermédiaire quasi-parfait (au point de paraître pendant longtemps trop parfait aux yeux des scientifiques) entre oiseaux et dinosaures, est parfois rejeté car (au choix) soit trop proche des oiseaux, soit trop proche des dinosaures. Et de toute façon, il manque un intermédiaire précédent ou suivant (cf point précédent).
De la même façon, si on présente 2 espèces avec une morphologie quasi-identiques, on a une réponse du genre : c’est la même espèce· (même avec des espèces actuelles où l’impossibilité de reproduction prouve le caractère différent des 2 espèces).
5) Il existe de très nombreux formes intermédiaires (au sens commun) dans le registre fossile, présentant une mosaïque de caractéristiques d'un organisme plus ancien et plus récent, conformément à ce que prédit la théorie de l'évolution :